醫生在哪裡！
法務大臣古川正文（奧田瑛二 飾）在 VIP 房間觀看賽馬時，秘書（玉置孝匡 飾）提到了一個名叫怪醫黑傑克的無證天才外科醫生，他可以進行任何手術，但費用高昂。古川秘密地將黑傑克帶到日本，因為他兒子的古川駿鬥（味方良介 飾）在旅行期間因吸食危險藥物而發生車禍，導致多個器官嚴重受損。
古川要求黑傑克從一名與他兒子體型和血型相似的、而且沒有吵鬧家人的屍體中移植所有器官來挽救他兒子的生命。即使屍體被發現，黑傑克也會進行這種不人道的移植手術嗎？秘書對此表示懷疑，但古川似乎已經胸有成竹。
黑傑克趕到後，古川要求他立即從剛剛去世的捐贈者屍體中移植所有器官，以挽救駿鬥的生命。黑傑克問道:“你兒子的命值多少錢？”古川同意支付高昂的費用，黑傑克秘密地進行手術。
對獄中自殺的摯友的質疑
實習醫生長谷川啟介（井之脇海 飾）對他在巴爾沃拉共和國監獄中自殺的摯友後藤一馬（早乙女太一 飾）的死因感到懷疑。後藤即將出獄，還曾讓啟介幫他買琵琶丸（竹原ピスト爾 飾）演唱會的門票，他怎麼會自殺呢？後藤的辯護律師伊丹治郎（山中崇 飾）將後藤的骨灰交給啟介，並表示無論如何也無法挽回後藤的生命。
骨灰盒上有一個白馬雕塑。啟介在網上蒐索發現，類似的雕塑出現在名為“乙炔燈”的畫廊中。他來到畫廊，從店主（山內圭哉 飾）口中得知，雕塑的作者是剛剛與他擦肩而過的帶著孩子的男人，正是怪醫黑傑克。啟介追了上去，但黑傑克並不理會他。就在這時，不遠處發生了一起事故。
超時
一輛卡車的貨箱上掉落的鋼筋將一個名叫翔太的孩子壓在下面，情況危急。鋼筋隨時可能倒塌。怪醫黑傑克對肇事司機說:“只要你給我 1 億日元，我就救他。”周圍許多人都用手機拍攝了這一幕。司機的身份即將暴露，他將成為殺人犯。他的妻子、孩子、父母… 將會如何？司機被逼無奈，答應向公司求助。皮諾可（永尾柚乃 飾）要求他簽署一份合同。黑傑克鑽到鋼筋下面，切斷了孩子的四肢。啟介目睹了這一切。
在醫院裡，黑傑克用神乎其技的手術將孩子的四肢重新接好。醫生們議論紛紛，懷疑他就是怪醫黑傑克。
啟介將黑傑克從畫廊帶走的一個箱子送到醫院。就在他眼前，山本刑警（千葉哲也 飾）以黑傑克無證行醫的罪名將他逮捕，但很快又將他釋放。
長谷川前往怪醫黑傑克的住所
在伊丹治郎律師事務所，啟介向伊丹表示懷疑，認為後藤可能知道一些不該知道的事情，所以被殺害了。伊丹對此一笑置之。但啟介仍然無法接受後藤自殺的事實，他從畫廊店主那裡打聽到黑傑克的住處，將雕塑送到他家。
黑傑克正在做熊肉咖喱。他解釋說，雕塑是靈魂的容器，其中封印著永恆的靈魂。但他表示，後藤骨灰盒裡的雕塑不是他制作的。啟介認為，黑傑克為了錢，偽造了自殺事件。黑傑克對此不予理會，並表示可以介紹他去一家好醫院。
六實（松本まりか 飾）向奇力可醫生（石橋靜河 飾）諮詢夫妻性生活問題。
灰燼與鑽石
怪醫黑傑克無奈地帶著糾纏不休的長谷川啟介來到一位名叫松方（橋爪功 飾）的老人家中，讓實習醫生啟介進行診斷。啟介診斷為輕微的闌尾炎。松方意味深長地說:“自從植入了那個東西之後，我誰也不相信了。”
長谷川聽說松方曾經在體內植入了價值 50 億日元的粉紅鑽石，指責他只要有錢什麼都幹。當他們來到老人所在的“茶水之家”養老院時，長谷川問黑傑克是否會給這裡的人做手術。黑傑克諷刺地說，也許這裡會有非常有錢的人。
黑傑克反問長谷川為什麼如此執著於後藤一馬的案件。
長谷川之所以如此在意後藤的死，是因為後藤被捕是他的錯。在酒吧裡，兩人聊到他們喜歡的藝術家“琵琶丸”（竹原ピ斯托爾 飾）的一首歌“一夜”，究竟是“イチヤ”還是“ヒトヨ”，結果與路過的當地混混發生爭執。後藤為了保護長谷川，刺傷了混混，被判過失殺人罪。
如果當時我沒有逃跑就好了… 長谷川非常後悔。
所以，如果怪醫黑傑克真的參與了犯罪，他將與維護這個世界的社會鬥爭到底。你以前戰鬥過嗎？如果戰鬥過，就不會說出這樣的話。
怪醫黑傑克向長谷川透露了關於後藤一馬的真相。
後藤希望你成為一名優秀的醫生。所以他沒有把你牽扯進來。年輕人要努力學習，這才是對他最好的追悼。
後藤是被迫捐獻器官了嗎？
另一方面，伊丹治郎律師拗不過長谷川的熱情，開始調查後藤一馬的死因。根據骨灰盒的寄送地址，他查到後藤的遺體在監獄自殺未遂後，被送到了巴爾沃拉共和國的一家頂級醫院。通常情況下，不會將囚犯送到這樣的地方。在那裡，一名發生交通事故，多處器官受損的男子被送來。如果不進行器官移植，他將無法存活。這個男人是法務大臣的兒子，當地有名的癮君子，古川駿鬥。
這不可能吧，偽裝成自殺然後被摘取器官？但仔細想想，這個世界就像漫畫一樣。政客和邪教組織沆瀣一氣，塗黑的文件等等。所以，僅憑這些證據還無法證明什麼，但也許後藤是被殺害來獲取器官的。伊丹決定繼續調查。
想要除掉追查自己兒子的伊丹治郎，法務大臣古川正文向怪醫黑傑克尋求幫助。黑傑克謊稱自己從事器官買賣，並指示秘書殺掉伊丹。他還在附近準備了一個圓頂手術室，詢問古川是否想觀看取器官的過程。古川等人隨即逃離。
怪醫黑傑克是殺人犯？
怪醫黑傑克在家中彫刻時，長谷川啟介突然出現。他看到桌上的粉紅鑽石，指責黑傑克偷了它。黑傑克回答說那是假的。
你知道伊丹的事吧。下一個就是你。你也知道，這個世界上有很多方法可以神不知鬼不覺地除掉一個人。
你真的只要有錢什麼都幹，殺人犯！
黑傑克將手術刀扔給長谷川，說:如果你想成為一名醫生，就記住，無論救人還是殺人，都能賺錢。皮諾可出現後，長谷川逃跑了。這次他應該不會再來了。
離開黑傑克家後，長谷川喃喃自語:這樣和（當初拋下後藤逃跑）沒什麼兩樣。
獅子面病和奇力可
六實明夫（宇野祥平 飾）來到“乙炔燈”畫廊，請求店主介紹怪醫黑傑克。
與此同時，明夫的妻子六實（松本まりか 飾）正在向奇力可醫生請求安樂死。今天明夫就要回來了，她打算實施計劃。奇力可回憶起自己安樂死父親的經歷。
明夫將六實帶到怪醫黑傑克的家中。摘下面具後，六實的臉上因獅子面病而變得醜陋腫脹。這是一種全球僅有十幾例的罕見疾病，患者的骨骼會不斷膨脹，即使切除也可能發生同樣的情況。
她現在雖然這樣，但以前很漂亮。她笑著的臉很可愛，是我最珍貴的寶物。明夫懇求黑傑克救救她。
“可以治好，但我需要兩億日元。”黑傑克漫不經心地說道。
六實明夫驚訝於高昂的費用，黑傑克反駁道:“如果能用兩億換回你妻子的笑容，那這筆錢花得值。她是你的寶物吧？你妻子的笑容值多少錢？”
六實明夫雖然認為妻子笑容是無價的，但還是指責黑傑克漫天要價。
黑傑克回答說:“真正想救她的人，多少錢都會出的。”
六實惠美子聽不下去了，說:“我這樣活著也沒什麼不好，就這樣吧。再說，兩億也不一定能成功。”
六實明夫堅持說:“我不想放棄，我想救惠美子。”
兩人離開後，皮諾可懇求黑傑克:“可憐她，幫幫她吧。”
黑傑克回憶起自己被毀容的經歷，微笑著說:“可憐…被這樣說，確實很可憐。”
“您也因為臉而痛苦過吧？”皮諾可問道。
黑傑克抱起皮諾可說:“真正的愛不是接受你現在的模樣嗎？”
皮諾可撒嬌說:“我想擁有18歲的身體。”
黑傑克解釋道:“皮諾可，你本來就是由你姐姐身體的囊腫中分離出來的，你的零件無法長大，所以不可能變成18歲的身體。就像惠美子一樣，你並不是想要變成這樣。”
惠美子讓皮諾可先回去，說等朋友來了再聊。黑傑克猜到她的“朋友”是奇力可。
另一方面，六實明夫去惠美子曾經就診的醫院請求手術，被拒之門外。得知黑傑克名字的長谷川啟介詢問了事情的經過。他理解有人可以愛任何面孔，但自己做不到。“所以，只能治好她的臉…”這時，黑傑克打來電話。
黑傑克說，惠美子向奇力可諮詢了安樂死，她已經走投無路。他再次提出用兩億做手術，但明夫不相信這是真心話。長谷川提醒他，黑傑克比想象中危險，讓他回家。
黑傑克想阻止奇力可實施安樂死，考慮到明夫可能來不及趕到，他讓六實家的樓上住戶以檢查的名義開門，從陽臺的逃生梯潛入六實家。
此時，惠美子向奇力可傾訴了想死的痛苦。牆上貼滿了惠美子笑容的照片。當初，明夫就是被惠美子的笑容所吸引，向她求婚。她深愛著愛她、包容她一切任性的明夫，兩人非常幸福。
奇力可被問到是否能忍受這樣的面孔時，她回答說:“可以。”她說:“你看，即使是得了同樣的病，也有人努力地活著。”惠美子表示理解，但她說自己每天都只能想到“我又活了一天”。
奇力可擁抱惠美子說:“對不起，讓你說了這麼多痛苦的事。”
黑傑克和皮諾可趕到，想要救惠美子，但惠美子已經自己服下了安樂死的藥物。本來應該逐漸起效導致心力衰竭，但她服藥過快，已經處於瀕死狀態。這時，明夫和長谷川趕來。黑傑克雖然做了緊急處理，但このまま下去，她會被奇力可殺死。他逼迫明夫拿出兩億，才能保住她的命。
黑傑克問明夫:“你能忍受嗎？忍受你放任她自殺的事實。有她在的地獄和沒有她在的地獄，你選哪一個？！”
奇力可說:“不用救她，她想死。”
明夫懇求黑傑克:“我願意賣掉所有的器官，湊夠兩億救惠美子。”
“我可能無法好好愛惠美子。如果她還活著，她會很痛苦吧。那就讓我們一起痛苦吧！這樣我也可以做到，可以做到。”聽到這句話，惠美子的眼中溢出了淚水。
“我想聽到的就是這句話。”
黑傑克說完，就把惠美子帶回家，讓長谷川做助手進行手術。他切除了導致獅面病的腦垂體的一部分。長谷川驚訝於黑傑克精湛的技術，喃喃自語道:“如果能做到這種程度，就可以說‘想成為神’了。”
皮諾可告訴他，黑傑克彫刻的雕像是為了紀念那些他沒能救活的人。這是為了不忘卻。
各自的結局與震撼的結尾
長谷川坐在醫院的長椅上，聽著琵琶丸的歌曲《一夜》。伊丹突然出現，說自己被襲擊後被救，被帶到一個充滿香氣的地方。長谷川懷疑是琵琶丸所為。這時，琵琶丸演唱會“やっ！”的票出現在了長谷川的手機上。
在演唱會現場，長谷川疑惑是誰幫他買的票時，古川駿鬥端著啤酒走了過來。他雖然長著駿鬥的臉，但舉杯的動作和笑容卻與後藤一模一樣。
琵琶丸在演唱《一夜》之前，揭曉了曲名的由來。原來，這首歌的正確讀音不是“イチヤ”也不是“ヒトヨ”，而是“かずや”，是為紀念他已故的摯友而創作的，歌頌的是他和摯友的最後一個夜晚。
古川法務大臣和秘書看到駿鬥決定出國學習世界政治，感到非常欣慰，仿佛他變了一個人。
遭遇鋼筋事故的翔太恢復了健康，正在制作風車。
惠美子的臉恢復了原來的美麗。明夫雖然賣掉了公寓，並向親戚借錢，但還是無法償還全部手術費用。黑傑克表示，他不會接受分期付款，只能按照約定用身體償還，但前提是明夫必須保持健康，因為他的器官對黑傑克來說非常重要。皮諾可吵著也要變成18歲的模樣，惠美子則發誓要珍惜現在的生活。
黑傑克看著翔太送給他的寫著“謝謝”的風車，臉上露出了微笑。長谷川端著茶走進來，黑傑克抱怨他經常不請自來，長谷川則表示要拜黑傑克為師。黑傑克拒絕了，但長谷川堅持說要拜皮諾可為師。
長谷川講述了手冢治蟲的故事，他放棄了醫生職業，成為了一名漫畫家。他還講述了一個關於醫生的漫畫故事:
一位富家公子遭遇車禍，命懸一線。醫生接到指示，要從一名健康的青年身上移植器官給這位公子。然而，醫生認為犧牲青年的生命毫無意義，于是選擇救活青年，並將他整容成與公子一模一樣。
黑傑克敷衍地聽著長谷川的故事，這時奇力可走了進來，是為了確認惠美子是否真的康復。
BJ:“多虧了某人，她的臉已經完全恢復了。”
奇力可:“她的臉也治好了？（看著雕像）如果沒能救回惠美子，你會把什麼關在裡面？”
BJ:“你覺得什麼好呢？”
奇力可:“你問我？”
BJ:“你比我更了解她。”
奇力可:“不用想也知道。”
BJ:“哦，你已經想好了嗎？”
奇力可:“我不是殺人犯。如果她有活下去的力量，就應該活下去。”
奇力可:“但我認為，只有人類才會強行讓注定要死去的人活下去。從某種意義上說，醫生就像自以為是的神一樣。這到底在多大程度上是允許的呢？”
BJ:“只有人類才會為了逃避痛苦而選擇結束生命。這到底在多大程度上是允許的呢？”
奇力可:“這只有神知道，不是嗎？”
奇力可正要離開，長谷川突然大喊起來。電視上播放著新聞速報，報道了懸崖坍塌，惠美子和明夫的車被埋的消息。
奇力可:“怎麼會這樣？好不容易治好了，真是愚蠢，我們白忙活一場。他們無論如何都會是這樣的命運。”
黑傑克立即準備去救人。
奇力可:“你絕對救不了他們。”
BJ:“我會一直救下去。”
奇力可:“你為什麼要救他們？”
BJ:“因為…我要活下去。”
