第11集:陳嘉應辭職只為讓中西醫結合治療繼續
因為陳嘉應一行人私自給阿璇開藥的事情被西醫的醫生知道了，並且要求要停到所有的中西醫結合工作，回去後，經理也對他們進行詢問，陳嘉應表示是自己要求用藥的，大家都還想要幫陳嘉應解釋，可是目前暫時也只能暫停所有的項目。
有病人來到診所得知中西醫合作停止後都很失落，畢竟他們都想要繼續讓中西醫合作，這樣受益的病人才會越來越多。路誌遠在電視上看見西藥有問題就只用換一批藥，可是中藥有問題就是本質的問題，他都覺得有些不公平，奶奶也和爺爺則在旁邊安慰路志遠，畢竟他們一直做中醫也知道這些問題。
西醫醫院也對這件事進行調查，他們覺得只要經過檢查後如果對病人沒有壞處他們也會重啟項目，方醫生聽見後心裡很不是滋味，畢竟他一直都有些瞧不上中醫。辜清敬和陳嘉應來到醫院以朋友的名義看望阿璇，結果方醫生看見後又對著他們罵了一頓，後來他們看見了方醫生的丈夫，丈夫也是這裡的醫生，然而沒想到竟然是辜清敬的親身父親。父親晚上回去後也想到當年自己還在備考的時候，因為弟弟妹妹都在家，自己卻沒時間復習。當時他還在讀書，而才和辜清敬的母親談戀愛，母親就懷孕了，可是他卻讓女友把孩子打掉。可是最後女友還是留下了這個孩子。
很多年後，辜清敬都已經長大了，他才知道這個孩子的存在，也知道女友當時因為難產而去世了。剛好方醫生後來看見了陳嘉應來找丈夫拿錢的場景，當時他已經和方醫生結婚了，方醫生詢問後，他才說出了實情並且表示自己會和這個兒子斷乾淨。雖然當初陳嘉應借了錢後就每個月按時還錢給他，不過他並沒有手下，並且表示自己也沒有打算把錢要回來，而自己也不會承認這個兒子。
其實方醫生已經調查到辜清敬就是丈夫曾經的兒子，所以著也是她對中西醫協作非常反對的原因。辜清敬想了很久還是以工作的名義去找父親，想要讓他不要放棄中西醫。在會議上，方醫生提出他們願意繼續中西醫協作，而且阿璇也有好轉，但是也需要有人因為這件事付出代價，而就是讓人主動辭職。辜清敬的父親成醫生提出可以用投票的方式決定，結果投票後的結果竟然是平手，方醫生便讓成醫生投票，結果成醫生竟然投了贊成票，意思就是要有人辭職。
辜清敬想要主動辭職，陳嘉應卻勸他不要著急。辜清敬還是打算寫下辭職報告，只要病人能夠接受治療，自己願意辭職，可是大家都不願意離開。阿璇停掉了中藥以後雖然肝素下降了，可是痙攣再次發作險些喪命，陳嘉應一行人看著阿璇也什麼都不能做。阿璇因為上次腦部缺氧導致現在都一直處於昏迷中，男友非常傷心，擔心阿璇再也醒不過來了。陳嘉應一直想要幫阿璇，但是現在什麼都缺做不了，他們心裡還是很難過。
很快，中醫就收到了消息得知中西醫協作再次啟動了，大家為了慶祝還一起去吃飯，大家都以為是辜清敬遞交了辭職信，可並不是辜清敬，而這次要辭職的人是陳嘉應。陳嘉應也去了常醫師的診所上班，表面上她是輕鬆了，可是陳嘉應心裡還是很難過。辜清敬也很捨不得陳嘉應，辜清敬詢問陳嘉應辭職是不是因為自己，陳嘉應故意沒說。接下來，大家都來到醫院幫患者進行中醫治療，唐韶光的父親作為護士長也在旁邊有些抗拒，唐韶光告訴父親，其實中醫真的很有用，也希望父親不要否定自己。唐韶光的父親也開始理解他們做中醫，並且有些病人的情況也能夠證明中醫有時候也比西醫好了很多。因為這件事後，陳嘉應也在會議上說了阿璇的事情完全和中醫沒有關系。方醫生又在做狡辯，甚至覺得是時間不夠。可就算是他們找來了藥監局的人，但是他們的傾向還是在西醫上，大家都非常生氣。
第12集:六君子診所正式開業
大家都覺得所謂的法規對中醫一點也幫助，所以大家當眾說要辭職，也是因為大家有這樣的決心，也改變了法規。就在這個時候，陳嘉應將他們的白大褂還回來，大家都還以為陳嘉應會把他們罵一頓結果沒想到陳嘉應竟然給大家說歡迎他們終於自由了。晚上，大家都喝了不少的酒，也說出了各自的心聲，大家都是想把中醫做好，無論自己吃多少苦都在所不惜。
一大早，房東也來到了陳嘉應的家裡，其實他想要邀請陳嘉應加入自己的診所陳嘉應其實並不願意，他還讓陳嘉應想清楚。接下來的時間，大家都在網絡上找工作，看看合適的工作，其實大家還是有些捨不得離開這裡，但是經理不聽他們的，所以他們現在也只能離開，經理也很快在網絡上發布了招聘信息。
辜清敬告訴陳嘉應，自己想要開一家屬於他們的理想診所，也希望陳嘉應能夠加入進來，在管理上辜清敬確實不熟悉，但是比起管理，他更需要一個能夠和自己同頻共振的人。彭醫師也給母親說自己辭職了，母親原本還想著讓兒子能夠回來幫自己，活著兩人一起去旅遊，可彭醫師卻說自己還是想要用中醫幫助別人。彭醫師去社區想要找社區合作，剛好遇見了麥寶的社工，彭醫師想要詢問麥寶的情況，可卻得知現在他們都找不到麥寶了，也不知道她究竟去了哪裡。
陳嘉應和辜清敬還在說著開診所的計劃，彭醫師剛好聽見了，並且想要加入他們。彭醫師雖然資歷不夠，但是也想加入。後來彭醫師給母親說了自己的想法，現在想要用母親開餐廳的這個地方改為診所，一開始母親還有些不答應，可也願意支持彭醫師，所以答應了。
彭醫師在天台上又想起了麥寶，陳嘉應上來後，彭醫師便說自己想要幫助更多的解毒患者，讓他們願意來到這裡治療。陳嘉應也說診所也是彭醫師的，他提出的要求也可以答應。很快，一個月過去了，唐韶光、袁絲絲和路誌遠都還沒有找到工作，就在他們還為此發愁的時候，辜清敬三人詢問他們是否願意加入自己的診所，他們才開了一家診所，如果大家投資一點錢就一起當老板，大家也非常開心。
接下來，大家就開始試用各種中藥，就是想要為開診所做準備，路誌遠在青年旅社準備試用艾灸，結果遇見了一個泰國男子，對方竟然還認識艾灸，也能說廣東話，他說自己是來找好朋友的。辜清敬和陳嘉應剛好回來後，泰國男子非常熱情保住了辜清敬，原來他的好朋友就是辜清敬，而辜清敬也給大家介紹這個男子叫班漢，也對中醫非常有興趣。
接下來，大家就開始商量醫館的名字，陳嘉應、辜清敬提出的名字都不太好，彭醫師想到了一個叫六君子醫設，剛好他們也是六個人一起，大家也覺得這個名字非常有意義。剛好他們還需要一個抓藥的人，班漢主動說自己可以，大家也都答應了。
陳嘉應還說起了辜清敬和自己談戀愛的時候，兩人經常吵架，辜清敬都不願意哄她，陳嘉應擔心他們一起開診所會出現矛盾，辜清敬說當年是自己不成熟，現在不會這樣了。很快診所即將開業了，大家也做好了一切的準備。
然而就在這個時候，他們迎來了第一個病人就是阿璇，也希望能夠儘快將阿璇的病治好。麥寶還是在吸毒，後來她甚至沒有錢買毒品，只能用假鈔。其實麥寶一開始也不想吸毒，但是因為母親一直沾染毒品，吸食毒品後甚至讓自己服用，所以麥寶在很小的時候就接觸了毒品。麥寶因為毒品掉在了水溝裡被沖毀了非常傷心，而剛好又看見了六君子診所的廣告，她便來到了診所。因為這裡看診不用錢，麥寶被分給了袁絲絲，袁絲絲看出她吸食過毒品，麥寶本來是想要讓她照著彭醫師當初給自己開的藥方開給自己，可袁絲絲不肯。麥寶就打算在診所大鬧，彭醫師看見了麥寶趕緊追出去，並且表示自己會幫助她，麥寶終於破防了。
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