第11集:石俊峰保護苗藥知識產權
精忠苗藥的董事長呂林毅正在向客戶介紹公司的情況，苗藥傳承人苗阿端從後面追上來，他情緒激動地指著呂毅大罵，說他竟然想把祖傳的配方賣給別人，還誣陷自己監守自盜。呂林毅轉身也氣憤地對苗阿端說，不是念及兩人多年的交情，自己早就報案了。苗阿端聽到這話後突然身體不適，手捂胸口倒在了地上。
張檢察長講述了案件的情況，原來，精忠苗藥的董事長呂林毅和苗藥傳承人苗阿端是多年的好朋友，現在他們公司生產的紅花接骨散竟然和一家合資藥企申城嶺桐生產的產品一模一樣。呂林毅懷疑苗阿端把配方賣給了對方，苗阿端認為呂林毅想將祖傳秘方據為己有，雙方各執一詞鬧得不可開交。張檢察長把案件交給石俊峰和陳雪去調查清楚，進行苗藥知識產權保護。
石俊峰和陳雪陪著呂董來到苗阿端家裡，他的女兒在國外，只有女婿田崑崙在家裡照顧苗阿端，但是兩人話不投機又吵了起來，談話只得不歡而散。石俊峰和陳雪開始對案件進行調查，兩個公司的藥品化驗單出來後，配方一模一樣，而精忠苗藥的實驗室只有苗阿端有鑰匙。苗阿端對檢察院的調查很是排斥，再次情緒失控身體出現不適，他把一個U盤交給女婿田崑崙，讓他等女兒回來後交給女兒小愛以防萬一。而田崑崙拿到U盤後，便急忙通過網上開始傳送數據，被苗阿端及時發現。田崑崙急急忙忙出逃，被石俊峰和公安截住，原來他趁苗阿端不備時偷盜了實驗室鑰匙賣給合資企業，從中謀利，是那個離間好朋友關系的內鬼！
第12集:石俊峰徹查水體汙染企業
漁民水生來到河邊，發現又有很多死掉的魚漂浮在水麵，他不由皺起了眉頭。由於企業排汙，渡水河的汙染越來越嚴重，可是上游的八家企業卻玩起了躲貓貓，誰都不承認是自己排到河裡的汙水。村民們氣不過 就聚集起來去企業鬧，檢察院接到舉報，想提起公訴手裡卻沒有證據。
石俊峰來做水生的工作，讓熟悉環境的他帶著環保所和檢察院的技術人員沿河取水樣，但是水生卻不信這一套，他說上游企業都把排汙管埋到很深的地下，根本查不到，這樣就是在浪費時間，石俊峰苦口婆心地勸說他，科研人員已經設定好了三十二個取水樣點，就是要詳細比對，找到真正汙染水源的企業，還拿人的指紋舉例子。
水生聽後恍然大悟，就帶著石俊峰他們沿河開工了，其實石俊峰身體不適， 正在發燒，他吃了陳雪為他拿來的退燒藥絲毫沒有作用，在船上吐的死去活來，水生看他難受，就提議明天再取剩下的水樣，但是石俊峰堅持要當天取完，因為如果遇到天氣下雨或者什麼變化，取的水樣就會不準確了。水樣被迅速送到技術部門化驗，通過各種成分和化學物質的比對，終於鎖定了排汙企業，使他們受到了應有的懲處。渡水河又變得清亮乾淨起來。經過這段時間的辦案學習，陳雪的收獲很大，她表示自己要繼續努力，爭取做一個獨立辦案的檢察官。
（全劇終）
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