第3集劇情亮點:
趙墨兒通過實驗確定祥瑞煙霧由違禁品製造，並與宋齊愈合作找到藏匿的梅船，發現其特殊構造和煙霧來源。趙不尤復原案發過程，指出梅船遇襲是因另一夥人破壞，導致船上人員被殺，倖存者將船藏匿荒郊。梁震決定追查天竺人背景，為後續破案指明方向。
溫悅潛入大理寺尋找李言案卷宗未果，卷宗已被焚毀。她被迫現身，用武力擺脫官兵後從下水道逃脫，回憶起過去跟隨水匪生活的不堪往事，顯示了案件調查的複雜性和溫悅個人歷史對當前行動的影響。
梁震不顧狄倫勸阻堅持調查祥瑞來歷，趙不尤、趙墨兒及萬福分工協作，從祥瑞機關入手追蹤凶手線索。趙墨兒擅長機關術，找到弟弟幫忙，表明團隊合作與技能專長在破案中的重要性，同時也展現了內部矛盾和壓力。
梁震不聽狄倫勸阻，指示趙不尤從河上出現的祥瑞著手調查，認為找到設置機關的人就能揪出凶手。趙不尤不懂這行，找來擅長機關制作的弟弟趙墨兒幫忙。
溫悅安排車馬店伙計送紙牛紙馬到大理寺，引起官兵緊張，百姓圍觀議論。她喬裝潛入案牘庫查找李言案卷宗，卻發現文件被焚毀。官兵修繕時，溫悅不慎弄倒桌子被迫現身，用傘作掩護打翻官兵後離開。
趙墨兒在掛著豬頭和血書的船邊思考，時間緊迫，朝廷限三天破案。他建議從祥雲查起，因製造原料中有違禁品。梁震派萬福調查購買者，讓趙墨兒做實驗。萬福買原料時苦土未買到，趙墨兒堅持要所有材料齊全。宋齊愈目睹萬福逼迫趙墨兒簽字並記錄下來，自稱為報館牙探誇讚萬福，使後者派人尋找苦土。
溫悅被困大理寺，通過下水道逃生，回憶起過去跟隨江南水匪水匕子生活的經歷，這段不堪回首的記憶讓她匆匆逃離。
趙辮兒檢查虹橋案件屍體時，看到仵作姚禾磕頭祈禱而躲藏。宋齊愈想如實報道事件始末，欣賞趙墨兒的執著精神，答應協助。趙墨兒湊齊原料進行實驗，但因硝石不足亮度不夠。
老姚退休後，兒子姚禾接替驗屍工作。梁震懷疑其能力，趙辮兒主動站出來幫助驗毒，最終確認四具屍體中毒為石蒜。
趙墨兒多次實驗後成功，發現硫磺和苦土為主要成分，並與宋齊愈一起排查船隻，找到一艘無主船，船上曾有人活動，包括一名西域人。
趙不尤謊稱與溫悅吵架讓趙瓣兒回家查看。萬福找到船主，得知蕭姓團夥在京找豬頭，欲尋茯苓醫官和師妹。趙不尤記錄信息，擔心牽連溫悅，故意混淆描述。
萬福推測案發情景，趙不尤邀請張擇端通過畫作找線索，發現異常船隻。趙墨兒向梁震匯報進展，梁震決定從此船入手。趙不尤之前向狄倫報告過想法，但被忽視，梁震認可他的才能，承諾助其晉升。
宋齊愈和趙墨兒成為好友，臨別贈送榫卯玩具。官兵沿汴河排查，在荒野中找到隱藏的大船，內有梅船。趙墨兒從香爐中發現硝石和糖混合物，解釋了煙霧來源。趙不尤復原案情:梅船人員利用化學物質製造祥瑞，按計劃轉移，但遭遇襲擊，倖存者將船駛至荒郊。
趙不尤提議從天竺人開始調查，梁震同意，讓他明日上班。萬福不服氣但無奈。趙不尤正要回家，趙瓣兒告知溫悅出事的消息。
第4集劇情亮點:
- 溫悅因殺手的刀法殺死甘亮而引起趙不尤懷疑，並在虹橋案後行為更加可疑，最終不辭而別，留下一封信給趙不尤。
- 溫悅收到師兄蕭逸水的恐嚇信，威脅她找到李言被殺案的卷宗，否則將殺害她的家人。為了不連累家人，溫悅選擇離開，並牽涉到十五年前師父水匕子殺害好官李言的事件中。
- 趙不尤追蹤線索至樊樓，發現蕭逸水和溫悅涉及複雜的復仇計劃與過去的案件。趙不尤為保護溫悅，編造理由應對顧震和萬福的調查。
- 溫悅向趙不尤坦白自己的過去，包括加入江南水匪、被迫殺人滅口等經歷，以及蕭逸水逼迫她偷取大理寺卷宗的事，最後決定讓趙不尤簽字休書以保全他，但遭到趙不尤的拒絕。
官兵去樊樓找蕭逸水的下落，結果一無所獲。溫悅來見蕭逸水，答應幫忙拿到李言案的卷宗，蕭逸水不但要卷宗，還要把溫悅一起帶走，他對溫悅垂涎已久，梁震和萬福突然闖進來。
溫悅用殺手的刀法殺了甘亮，這讓趙不尤起了疑心。虹橋案後，溫悅的行為更加可疑，趙不尤感到不安，派趙瓣兒回家查看情況，卻發現溫悅已經離開，沒有帶走衣物和首飾，只留下一封信。
趙不尤回憶起十五年紀念日那天，蕭逸水曾給溫悅送點心，又聽說蕭逸水帶著人來找茯苓和她的師妹，懷疑溫悅就是所說的師妹。他擔心溫悅的安全，收集了家人的錢急著去找茯苓打聽消息。
原來，溫悅收到師兄蕭逸水夾在點心裡的信，威脅她找到李言被殺案的卷宗，否則就要殺她全家。為了避免連累家人，溫悅決定悄悄離開，並回想起十五年前師父水匕子策劃殺害清官李言的事，儘管她求情，水匕子還是殺了李言，這讓她至今難忘。
趙不尤到花船上找茯苓，付了錢詢問蕭逸水的事。得知蕭逸水讓茯苓解決四個船工，後來發現這些人是在荒湖喝酒時被引上小船後遭到襲擊。趙不尤還知道蕭逸水當時正在樊樓玩樂。
溫悅去樊樓找蕭逸水，對方搜查她全身確保沒有武器後才放鬆警惕。蕭逸水想帶卷宗和溫悅一起回水匪幫會，但溫悅拒絕，說沒帶卷宗，蕭逸水生氣之下打了手下致死。
趙不尤來到樊樓，看到顧震和萬福在調查一批豬頭的下落，無意中得知蕭逸水也在樊樓。顧震和萬福對蕭逸水和溫悅產生懷疑，趙不尤站出來為溫悅解圍，稱他們是來私會的，試圖打消顧震的疑慮。
這時狄倫出現與蕭逸水交談，顧震只好離開。之後蕭逸水命令手下捆住趙不尤和溫悅，要求溫悅交出卷宗並計劃活埋趙不尤。溫悅趁機解開繩索挾持蕭逸水，迫使他放走趙不尤，但她自己留下來面對蕭逸水。
趙不尤背下了李言案的卷宗內容，以此保護溫悅。蕭逸水發現當年僱用水匕子殺人的人可能還在活動，想要找到這個人復仇。溫悅承認卷宗已毀，蕭逸水決定繼續追查，臨走前囑咐溫悅等他回來。
溫悅向趙不尤坦白了自己的過去:父母雙亡成為流民，被迫加入江南水匪。甘亮發現了她的秘密並以此威脅，溫悅為了自保殺了他。蕭逸水假扮商人接近溫悅，逼迫她去大理寺偷卷宗。
溫悅考慮再三提出離婚，趙不尤堅決不同意，並燒掉休書。溫悅不想連累趙不尤，給了他所有積蓄讓他買房子。趙不尤憤怒地表示要找父親評理，而趙墨兒和趙瓣兒也極力挽留溫悅，趙離則認為問題在於趙不尤。
趙不尤和趙墨兒早上去買馬，遇到一個袖子上有火藥痕跡的外邦人正被人追殺。趙不尤救下此人，意識到事情並不簡單。
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